Das NIC wird von einem Direktorium geleitet. Ein Wissenschaftlicher Rat berät das Direktorium und die Vertragspartner in Fragen der Forschungsfelder der Forschungsgruppen, der Fortentwicklung der Rechnerausstattung und anderer Ressourcen für das NIC. Die Rechenzeitkommission bewertet die eingehenden Projektanträge und spricht Empfehlungen für die Bewilligung von Supercomputer-Ressourcen aus. Der Wissenschaftliche Rat, die Rechenzeitkommission und das Direktorium werden durch ein Wissenschaftliches Sekretariat unterstützt.

Im Forschungszentrum Jülich werden die Höchstleistungsrechner und die erforderliche IT-Infrastruktur vom Jülich Supercomputing Centre (JSC) betrieben. Jülich ist Standort einer neu einzurichtenden Forschungsgruppe.

DESY betreibt die APE-Spezialrechner in Zeuthen und unterhält dort die Forschungsgruppe "Elementarteilchenphysik".

Die GSI stellt Rechnerressourcen in Darmstadt bereit. Eine Forschungsgruppe für "Kern- und Hadronenphysik" befindet sich in Vorbereitung.