RCNMA/NMSim

RCNMA/NMSim ist ein auf Normalmodi basierender geometrischer Simulationsansatz zur Erforschung biologisch relevanter Konformationsübergänge in Proteinen. Diese Methode basiert auf einem dreistufigen Ansatz für die Multiskalenmodellierung von makromolekularen Konformationsänderungen. Die ersten beiden Schritte basieren auf einer Rigid-Cluster-Normal-Mode-Analyse (RCNMA). Im letzten Schritt (NMSim) werden neue Makromolekülkonformer erzeugt, indem die Struktur entlang der von der RCNMA vorhergesagten energiearmen Normalmodenrichtungen verformt wird.

Ein Webserver ist hier vorhanden.

Ahmed et al. J. Chem. Inf. Model. (2011)

Dimura et al. Curr Opin Struct Biol (2016)

Ciupka & Gohlke Scientific Reports (2017)